Σοκ έχουν προκαλέσει οι καταγγελίες περί ασέλγειας και κακοποιητικών συμπεριφορών κατά ανηλίκων, που διέμεναν σε δομές της «Κιβωτού του Κόσμου».
H Εκκλησία της Ελλάδας παίρνει σαφείς αποστάσεις από τον μη κυβερνητικό οργανισμό.
Ο εκπρόσωπος Τύπου της Ιεράς Συνόδου, Μητροπολίτης Φθιώτιδος Συμεών, μιλώντας στον Alpha υποστήριξε πως η «Κιβωτός του Κόσμου» δεν υπάγεται στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών και δεν είναι υπό την εποπτεία της. «Πρόκειται για ένα αυτόνομο ιδιωτικό έργο του πατέρα Αντώνιου. Είναι ένας μη κερδοσκοπικός οργανισμός», ανέφερε ο εκπρόσωπος Τύπου της Ιεράς Συνόδου.
Ακόμα, αποκάλυψε πως κατά το παρελθόν ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών επιχείρησε να βοηθήσει τον πατέρα Αντώνιο με κάποιου είδους εποπτεία, όμως ο τελευταίος αρνήθηκε.